Nombre Dios fue fundado originalmente en 1510 por Diego de Nicuesa para establecer un puerto.

Posteriormente, en 1519, Pedrarias Dávila dio orden de repoblar este asentamiento abandonado a Diego de Albites, con el objetivo de que, junto a los poblados de Panamá y Nata de los Caballeros, sirvieran de enlace transístmico entre Castilla de Oro con España y con las colonias del Caribe, con fines logísticos y militares de abastecimiento. Asolada en 1596 por el corsario británico sir Francis Drake con apoyo de cimarrones que dieron la oportunidad de asegurar su libertad, fue abandonada por espacio de 200 años. Aún hay investigadores que buscan el castillo el Morro, documentada en antiguos mapas tanto de piratas, corsarios y cartógrafos de la época como por los investigadores modernos. Actualmente el poblado está dividido por una laguna.

Se erige en la ribera de la bahía de Nombre de Dios, cuyo espectáculo visual de olas es lo primero que verás al divisar el poblado. En verano celebran el festival de Congos de Santa Isabel, evento cultural que conserva las tradiciones de los lugareños y que atrae a turistas nacionales y extranjeros que buscan nuevas experiencias culturales.